กิเลสขั้นหยาบ และกิเลสขั้นกลางจะเกิดได้ ก็เพราะเหตุว่ามีกิเลสขั้นละเอียด ซึ่งไม่มีใครรู้เลยนอกจากพระอรหันตสัมมาสัมพุทธเจ้าที่ทรงตรัสรู้ว่า การที่จะดับกิเลสหมดสิ้นเป็นสมุจเฉท ได้นั้นต้องดับอนุสัยกิเลส ซึ่งเป็นพืชเชื้อ ที่เป็นเหตุให้กิเลสขั้นกลาง และกิเลสขั้นหยาบเกิดขึ้นได้
กิเลส ๓ ระดับ
กิเลส เป็นสภาพธรรมที่เป็นอกุศลธรรม เป็นเครื่องเศร้าหมองของจิต พระอริยบุคคลเท่านั้นที่จะดับกิเลสได้ตามลำดับมรรค กิเลส ๓ ระดับ คือ วีติกกมกิเลส เป็นกิเลสอย่างหยาบ ปริยุฏฐานกิเลส เป็นกิเลสอย่างกลาง และ อนุสัยกิเลส เป็นกิเลสอย่างละเอียด
๑. วีติกกมกิเลส เป็นกิเลสอย่างหยาบ ทำให้ล่วงเป็นทุจริตกรรมทางกาย วาจาวิรัติ คือ ละเว้นวีติกกมกิเลสได้ด้วยศีล วีติกกมกิเลส เป็นกิเลสอย่างหยาบ สามารถปรากฏให้รู้ได้ในชีวิตประจำวัน ทั้งกับตนเองและผู้อื่น เพราะมีการแสดงออกมา ทางกาย และ วาจา เช่น การพูดเท็จ การพูดคำหยาบ การฆ่าสัตว์ การลักทรัพย์ เป็นต้น
๒. ปริยุฏฐานกิเลส เป็นกิเลสอย่างกลางที่เกิดร่วมกับอกุศลจิต แต่ไม่ถึงขั้นล่วงเป็นทุจริตกรรม ระงับปริยุฏฐานกิเลสได้ชั่วคราว เป็นวิกขัมภณปหานด้วยฌานกุศลจิต ปริยุฏฐานกิเลส เป็นกิเลสอย่างกลางที่เกิดร่วมกับอกุศลจิต มี นิวรณ์ เป็นต้น แต่ไม่ได้แสดงออกมาทางกาย และวาจา เพียงแต่เกิดกิเลสขึ้นมาภายในจิตใจ เช่น เกิดความยินดีพอใจในสิ่งที่ได้เห็น เกิดความขุ่นเคืองใจ แต่ไม่ได้ล่วงแสดงออกมาทางกาย วาจา ซึ่งสามารถรู้ได้ในชีวิตประจำวัน กับผู้ที่เจริญสติปัฏฐาน โดยผู้นั้นเองที่จะเป็นผู้รู้ ด้วยปัญญาเท่านั้นที่จะรู้ได้
๓. อนุสัยกิเลส หมายถึง กิเลสอย่างละเอียดที่ตามนอนเนื่องอยู่ในจิตไม่ปรากฏตัวออกมา หรือเป็นกิเลสที่มีกำลังที่ยังละไม่ได้ จะละได้ด้วยปัญญาระดับมรรคจิต อนุสัย มี ๗ ประการคือ
๑. กามราคานุสัย โลภะ ความติดข้องในกาม
๒. ปฏิฆานุสัยโทสะ ความโกรธ
๓. ทิฏฐานุสัย ความเห็นผิด
๔. วิจิกิจฉานุสัย ความสงสัย
๕. มานานุสัย ความถือตัว ความสำคัญตัว
๖. ภวราคานุสัย โลภะ ความติดข้องในภพ
๗. อวิชชานุสัย โมหะ ความไม่รู้
อนุสัยกิเลส เป็นกิเลสอย่างละเอียด เมื่อยังไม่ได้ดับกิเลส อนุสัยกิเลสก็นอนเนื่องอยู่ในจิตที่เกิดดับสืบต่อกันเป็นเชื้อเป็นปัจจัยให้เกิดปริยุฏฐานกิเลส กิเลสทั้งหลายจะดับหมดสิ้นเป็นสมุจเฉทปหาน ไม่เกิดอีกเลย เมื่อโลกุตตรมัคคจิตรู้แจ้งอริยสัจจธรรมโดยประจักษ์แจ้งสภาพของพระนิพพาน ตามลำดับขั้นของมัคคจิต ซึ่งปหานกิเลสเป็นสมุจเฉท ตามลำดับขั้นของมัคคจิตนั้น ๆ อนุสัยกิเลส เป็นกิเลสที่ละเอียดนอนเนื่องในสันดาน ไม่ปรากฎให้รู้ได้ในชีวิตประจำวัน เพราะเป็นการสั่งสมไว้ในจิต เปรียบเหมือนเชื้อโรคที่ฝังตัวอยู่ในร่างกายไม่สามารถรู้ได้ ต่อเมื่อเกิดอาการของโรคแล้ว (ปริยุฏฐานกิเลสและวีติกมกิเลส) ย่อมรู้ได้ว่ามีสาเหตุมาจากเชื้อโรค ซึ่งอนุสัยกิเลส เป็นพืชเชื้อให้มีการเกิดขึ้นของกิเลสอย่างกลาง เช่น ความโกรธในใจ ดังนั้นอนุสัยกิเลสจึงเป็นกิเลสที่ละเอียดที่สุด ที่ไม่ปรากฏให้รู้ได้ในชีวิตประจำวัน แต่ถึงแม้ไม่สามารถที่จะรู้อนุสัยกิเลสได้ แต่ก็สามารถอบรมปัญญาเพื่อละอนุสัยกิเลสได้ ด้วยการเจริญสติปัฏฐานระลึกรู้ลักษณะของสภาพธรรมที่มีจริงในขณะนี้ว่าเป็นธรรม ไม่ใช่เรา ก็จะถึงปัญญาระดับสูงที่เป็นมรรคจิต ที่สามารถละอนุสัยกิเลสได้จริงๆ ปัญญาเท่านั้นที่จะรู้และละอนุสัยกิเลสด้วยการอบรม ศึกษาพระธรรม
กิเลสขั้นหยาบ และกิเลสขั้นกลางจะเกิดได้ ก็เพราะเหตุว่ามีกิเลสขั้นละเอียด ซึ่งไม่มีใครรู้เลยนอกจากพระอรหันตสัมมาสัมพุทธเจ้าที่ทรงตรัสรู้ว่า การที่จะดับกิเลสหมดสิ้นเป็นสมุจเฉท (ถอนขึ้นอย่างเด็ดขาด) ได้นั้นต้องดับอนุสัยกิเลส ซึ่งเป็นพืชเชื้อ ที่เป็นเหตุให้กิเลสขั้นกลาง และกิเลสขั้นหยาบเกิดขึ้นได้
สำหรับผู้ที่ไม่ใช่พระอรหันต์ กิเลสที่เป็นระดับที่ละเอียดมาก คือ อนุสัยกิเลส ยังไม่ได้ดับเป็นสมุจเฉท ส่วนพระอรหันต์ไม่มีอนุสัยกิเลส และไม่มีกิเลสระดับใด ๆ ทั้งสิ้น พระอรหันต์ไม่ว่าจะได้เห็น ได้ยิน ได้กลิ่น ลิ้มรส กระทบสัมผัส ท่านไม่หวั่นไหวไปด้วยอำนาจของกิเลส เพราะท่านดับกิเลสได้ทั้งหมดแล้ว แต่ผู้ที่ไม่ใช่พระอรหันต์ย่อมหวั่นไหวไปด้วยอำนาจของกิเลสประการต่าง ๆ มีโลภะ โทสะ เป็นต้น เพราะฉะนั้น อนุสัยเป็นส่วนหนึ่งของกิเลส กิเลสกว้างกว่า.